Interhop - LinkR
Aider les cliniciens et data scientists à analyser les données de santé
InterHop.org est une association française loi 1901 à but non lucratif composée d'ingénieur·es, de juristes, de professionnel·les de santé et de patient·es, avec une expertise dans le numérique en santé, dédiée à la promotion de l'open science en santé. Elle développe et mets à disposition des logiciels libres et open-source pour la recherche en santé.
LinkR est une solution développée par l'association InterHop qui vise à démocratiser l'accès et l'analyse des données de santé dans les hôpitaux. La plateforme combine une interface low-code pour les cliniciens avec des capacités de programmation avancées pour les data scientists, tout en respectant une approche décentralisée de gestion des données.
Tags
- Saison 12
- 2/1/2024 / 4/30/2024
- terminé
- Outil Interne
Partenaires
Le projet LinkR s'inscrit dans un contexte où les hôpitaux disposent d'énormes quantités de données de santé stockées dans des entrepôts de données, représentant un potentiel considérable pour la recherche médicale. Cependant, ces données sont actuellement sous-exploitées pour trois raisons principales :
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Le manque d'Hérabilité entre les différents systèmes hospitaliers, chaque établissement utilisant des formats et des logiciels différents, ce qui complique la mise en commun des données pour la recherche multi-centres.
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La nécessité de compétences avancées en programmation (Python, R, SQL) pour analyser ces données, compétences qui ne font pas partie du cursus médical standard.
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L'absence d'outils collaboratifs adaptés permettant aux cliniciens et aux data scientists de travailler ensemble efficacement sur ces données.
L'importance du projet se manifeste également dans le contexte actuel de la gestion des données de santé en France, où des questions de souveraineté numérique se posent, comme l'illustre l'autorisation récente par la CNIL de l'hébergement des données de santé par Microsoft.
Livrables
La plateforme LinkR se présente sous forme d'une application web avec une interface de type dashboard permettant la visualisation et l'analyse des données de santé. Elle intègre des plugins pour différentes fonctionnalités (prétraitement des données, machine learning, visualisation) et supporte à la fois R et Python. L'interface permet aux cliniciens d'effectuer des analyses via une interface graphique intuitive, tandis que les data scientists peuvent accéder et modifier directement le code généré.
Durant la saison d'accélération, l'équipe a réalisé plusieurs avancées significatives :
- Développement de plugins essentiels :
- Outils de prétraitement des données
- Fonctionnalités de détection et suppression des données aberrantes
- Modules de train-test split
- Plugins de machine learning
- Outils de visualisation (timeline, data table)
- Amélioration de l'Hérabilité :
- Intégration plus poussée de Python aux côtés de R
- Adaptation de la plateforme pour répondre aux besoins des deux communautés (R en médical, Python en data science)
- Refonte de l'interface utilisateur :
- Création d'une interface type dashboard plus dynamique
- Amélioration de l'éditeur de plugins
- Intégration harmonieuse des fonctionnalités R et Python
- Mise en place d'une architecture permettant une approche décentralisée de la gestion des données
lien vers le repository https://github.com/BorisDelange/LinkR
lien vers le projet https://linkr.interhop.org/
La solution
Impacts
1er
projet opensource dans le médical français
1
article dans l’International Journal of Medical Informatics
